蓋在殉教公園內，分四個展區講天草的禁教史，約兩百件展品。看得到一揆用過的武器、踩繪、偽裝成觀音的瑪利亞像，把信徒怎麼用佛教外殼藏天主信仰講得很具體。實物陣中旗一年只公開四次，平日看到的是複製品，想看真跡要先查公開日。
歷史博物館
天草基督教館（天草キリシタン館）
Amakusa Christian Museum
◆ 值得一去
想搞懂島原天草一揆跟潛伏吉利支丹的來龍去脈，先來這裡再去﨑津，順序顛倒就只是看教堂外觀。鎮館的天草四郎陣中旗是國家重要文化財，平常展複製品、一年只開實物四次。
時間9:00-17:00（最終入館 16:30）；週二休（逢假日順延），12/30-1/1 休
費用¥300 （高中生 200、中小學生 150；20 人以上團體有折扣）
交通本渡巴士中心・步行 15 分